20 березня 1805 р. було утворене Миколаївське і Севастопольське військове губернаторство. До складу губернаторства увійшли міста Миколаїв і Севастополь, чорноморські адміралтейські поселення Богоявленськ, Воскресенськ, Калинівка, Покровськ, Знам’янка і Богданівка (з 1820 р. замість двох останніх – Березнегувате і Висунськ).

Повноваження військового губернатора були покладені на головного командира Чорноморського флоту і портів. Йому підпорядковувались всі державні органи управління та самоуправління, гарнізони міст та військові частини, розташовані на території губернаторства. Основні завдання, що стояли перед військовим губернатором, - охорона самодержавного ладу і боротьба з революційним рухом, здійснення нагляду за станом промисловості, торгівлі і фінансів.

Після поразки Російської імперії у Східній (Кримській) війні управління Миколаївським і Севастопольським військовим губернаторством зазнала змін. У 1864 р. в Севастополі було ліквідовано військове губернаторство, місто підпорядкували цивільному управлінню, а у Миколаєві залишилось Миколаївське військове губернаторство. Чорноморські адміралтейські поселення у 1861 р. були перетворені на передмістя, які у 1877 р. були передані Херсонському повіту Херсонської губернії. У складі військового губернаторства залишилися лише м. Миколаїв і пригородні хутора.

З переведенням управління Чорноморським флотом до Севастополя, Миколаїв втратив роль південного стратегічного форпосту імперії, хоча був значним торгово-промисловим центром, де більшість робітників була зайнятою у суднобудівній промисловості. Ухвалою Державної Ради (затверджена імператором 5 червня 1900 р.) Миколаївське військове губернаторство було ліквідовано і замість нього було створене Миколаївське градоначальство.