Музей суднобудування і флоту було відкрито у м. Миколаїв 30 липня 1978 р., у День Військово-Морського флоту. Старовинний будинок, у котрому розташовано музей, є пам’яткою історії архітектури кінця XVIII - першої половини XIX століття. Побудований у стилі раннього російського класицизму за проектом архітектора П.В.Неєлова, будинок слугував канцелярією та помешканням для головних командирів Чорноморського флоту і портів та військових губернаторів Миколаєва і Севастополя протягом 1794-1900 років.
Над художнім образом музею працювала творча група проектантів-оформлювачів під керівництвом талановитого художника Ю.Стешина. Значну допомогу у процесі створення музею та експозиції надали підприємства м. Миколаїв. У судномодельних майстернях Центрального конструкторського бюро «Чорноморсуднопроект», Центрального науково-дослідного інституту технологій суднобудування проектно-конструкторського бюро «Прогрес», кораблебудівному інституті ім. С.Й.Макарова було виготовлено моделі кораблів, що стали основою експозиції музею, а до фондів передано креслення та колекції фотографій.
1981 р. групу творців музею, зокрема Е.О.Шоріна, Т.В.Гусельникову, М.І.Озерного, В.М.Семерньова, Ю.Т.Стешина, В.Я.Іванова, Л.Д.Хлопинську, Г.І.Чередниченко, Л.К.Керанчука було відзначено Державною премією ім. Т.Г.Шевченка.
Сьогодні понад чотирьох тисяч експонатів розміщуються у дванадцяти залах музею. Понад 15 тисяч музейних предметів зберігаються у фондах. Щоб знайомити з ними відвідувачів, співробітники музею проводять насичену виставкову діяльність.
Перлиною музею є діорама «Будівництво кораблів на Миколаївському адміралтействі у першій чверті XIX століття». Її автор та виконавець – лауреат Державної премії ім. Т.Г.Шевченка художник В.М.Семерньов. Експозиція музею відтворює історію створення Чорноморського флоту, знайомить з кораблями миколаївської побудови, з біографіями історичних осіб, які брали участь у розбудові флоту та міста.
Музей має свою бібліотеку, що налічує понад дві тисячі друкованих видань з кораблебудування та краєзнавства. Це і сучасні видання, і наукові посібники, лоції, книги з історії та теорії кораблебудування, військово-морської та навігаційної справи, що друкувались, починаючи з кінця XVIII століття, у тому числі і у миколаївських друкарнях.
За 35 років існування музею в його залах побувало близько трьох мільйонів відвідувачів. Музей відвідують тисячі туристів з різних країн світу. Це – один з найцікавіших туристичних об’єктів України, справжня візитна картка нашого краю.